首先，政府支持力度小，財政投入不足。當前中央政府大力推進綠色食品和無公害食品產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，并且向農(nóng)民提供金融支持以鼓勵他們轉(zhuǎn)變傳統(tǒng)的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方式。相對來說，中央政府對于有機農(nóng)業(yè)的發(fā)展雖然持有積極的態(tài)度，但是到現(xiàn)在為止，還沒有實質(zhì)性的資源投入。在中央政府支持的背景下，許多地方政府，特別是東部和南部經(jīng)濟發(fā)達地區(qū)，都有意向發(fā)展有機農(nóng)業(yè)，并且已經(jīng)開始啟動一些實驗性項目和研究，但是，這些地方政府的支持主要針對的是有機認證方面，并且支持力度較小，難以整體推進有機農(nóng)業(yè)的發(fā)展。我國多數(shù)有機農(nóng)業(yè)研究項目是受到來自于國際機構(gòu)的資助和支持，這些國際機構(gòu)主要包括：國際農(nóng)業(yè)開發(fā)基金會(IFAD)、亞洲開發(fā)銀行研究所(ADBI)、亞太經(jīng)合組織(APEC)等。

其次，生產(chǎn)技術(shù)研究工作落后，推廣服務(wù)體系薄弱。當前，我國有機農(nóng)業(yè)發(fā)展迫切需要大量具有實際價值的有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)技術(shù)、政府支持政策以及有機產(chǎn)品的生產(chǎn)和營銷三個方面的支撐。在技術(shù)方面，盡管現(xiàn)在我們已有一個有機質(zhì)量控制體系可以使得產(chǎn)品符合有機標準的相關(guān)規(guī)定，但是在生產(chǎn)方面，大量缺乏關(guān)于病蟲害防治、土壤肥力保持等方面的生產(chǎn)技術(shù)的研究和應(yīng)用，從而大大限制了我國有機農(nóng)業(yè)產(chǎn)量的提高和規(guī)模的發(fā)展。在政府政策制定方面，我國到現(xiàn)在為止還沒有一個國家層次上的有機農(nóng)業(yè)研究合作平臺。在過去30年中，大多數(shù)研究工作主要集中在生態(tài)農(nóng)業(yè)和綠色食品方面，卻沒有具體的關(guān)于有機農(nóng)業(yè)的研究支持計劃。對于從事有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的農(nóng)戶來說，國家既沒有政策性的鼓勵，也沒有財政性的扶持幫助他們獲得生產(chǎn)管理方面的指導(dǎo)和咨詢，這就導(dǎo)致了一種尷尬的局面。一方面，農(nóng)民迫切希望獲得有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)相關(guān)的指導(dǎo)和幫助;另一方面，一些有機農(nóng)業(yè)咨詢服務(wù)機構(gòu)卻沒有市場和對象開展咨詢指導(dǎo)業(yè)務(wù)。在我國，現(xiàn)在已有將近30家有機認證機構(gòu)從事有機產(chǎn)品的認證業(yè)務(wù)，卻僅僅只有5家來自大學(xué)和科研機構(gòu)的專業(yè)有機農(nóng)業(yè)咨詢組織，并且它們大多數(shù)注重于建立產(chǎn)品質(zhì)量控制體系，而不是開展生產(chǎn)技術(shù)的咨詢服務(wù)。同時，地方農(nóng)技推廣服務(wù)體系也缺乏相應(yīng)的技術(shù)和人員來開展有機農(nóng)業(yè)的服務(wù)工作，尚未有效發(fā)揮對于有機農(nóng)業(yè)技術(shù)的推廣作用。

最后，生產(chǎn)組織形式缺乏創(chuàng)新，營銷方式效率低下。在生產(chǎn)營銷方面，我國大部分有機產(chǎn)品是由小規(guī)模農(nóng)戶組織生產(chǎn)與管理的。盡管許多小農(nóng)戶被公司通過某些模式組織成生產(chǎn)者群體，但是這些群體是松散的，并沒有被很好的組織和管理起來。很多農(nóng)戶根本無法理解有機產(chǎn)品的真正內(nèi)涵，只是受到經(jīng)濟方面的吸引而與公司進行合作。這些農(nóng)戶缺乏對于有機農(nóng)業(yè)的認識和了解，無法掌握高水平的有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方法，導(dǎo)致有機農(nóng)業(yè)生產(chǎn)水平落后，產(chǎn)量低下，品質(zhì)難以得到保證。在有機產(chǎn)品營銷方面，小規(guī)模的農(nóng)戶處于市場的不利地位，不能直接進入市場當中，難以形成有效的市場宣傳手段和建立良好的品牌知名度，使得目前的有機產(chǎn)品市場具有魚龍混雜、管理混亂、價格昂貴等諸多缺陷，嚴重影響了人民群眾對于有機產(chǎn)品的信任和消費。

有機農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化拓寬了有機農(nóng)業(yè)的領(lǐng)域,包括有機農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn),有機農(nóng)產(chǎn)品初加工、深加工,有機農(nóng)產(chǎn)品儲運保鮮,有機農(nóng)產(chǎn)品專賣店,有機農(nóng)產(chǎn)品配送到家等,實現(xiàn)了有機農(nóng)產(chǎn)品多層次、多環(huán)節(jié)增值。將有機農(nóng)產(chǎn)品加工業(yè)、運輸業(yè)、儲運業(yè)、銷售業(yè)整合為一條產(chǎn)業(yè)鏈,可以為部分農(nóng)村勞動力提供更多的就業(yè)機會。有機農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化還加速了農(nóng)業(yè)、工業(yè)、服務(wù)業(yè)之間以及城鄉(xiāng)之間優(yōu)勢互動與協(xié)調(diào)發(fā)展,使信息、資本、技術(shù)與管理人才、資源等生產(chǎn)要素得到更合理配置。

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